Probablemente en torno a la plaza del Castillo se ubicó el más antiguo asentamiento humano conocido, la ciudad ibérica de Alaun. Era la más oriental de las ciudades vasconas se acuñó moneda con inscripciones en alfabeto íbero. 

Sus habitantes ya conocían la agricultura de regadío, como se desprende del bronce de Contrebia, que con fecha de 15 de Mayo del año 87 antes de Cristo, relata un pleito entre los habitantes de Alaun y Salluie (Zaragoza) causado por el trazado de una acequia por terrenos comprados a los sosinestranos.
Con el nombre de Allabone, durante el periodo romano era una de las mansiones de la vía que por Turiaso se dirigía a Asturica ( Astorga) procedente de Caesaraugusta.
En el año 714, el Islam llega al Valle del Ebro, siendo Alagón población importante de la marca superior de Al-Andalus, de la cual Zaragoza era su capital. En su castillo durmió el 14 de Octubre del 935 el Califa Abderramán III. De este período, que acaba en 1118 con la conquista cristiana de Alfonso Ise conservan parte de sus murallas, el alminar de su mezquita- hoy campanario de San Pedro, donde se situaba la posada o funduq y el barrio de La Jarea, lugar extramuros en donde se reunía todo el pueblo en ciertas festividades.

A lo largo de la Edad Media, Alagón, en donde se celebraron Cortes Aragonesas, fue centro cristiano de una comarca con mayoría de población mudéjar dedicada a la agricultura. Junto a los cristianos había en Alagón una poderosa aljama judía, ubicada en torno a la replaceta Virto.
A partir del siglo XVI, el caserío se extiende hacia NE en torno a la calle Mayor y la plaza Nueva (hoy de España), englobando barrios preexistentes como el de San Juan. En el siglo XVIII, los jesuitas edifican un colegio, dedicado a San Antonio, en el solar de la antigua judería. A fines de siglo, el Canal imperial de Aragón salva en Alagón el mayor escollo que tenía para llegar a Zaragoza, construyéndose un magnífico acueducto sobre el río Jalón, denominado Murallas de Grisén. Finalmente el siglo XX supone para Alagón el nacimiento de actividades industriales que se añaden a las tradicionales agrícola y comercial, instalándose en 1905 la Azucarera y finalmente, en 1980, la G:M:E:, en el polígono industrial Entreríos.